En 2003 se lanza su primer álbum de estudio, Fallen. El primer single del álbum fue "Bring Me To Life", un dúo con Paul McCoy, vocalista de la banda 12 Stones. Este duo fue una exigencia de la casa discográfica, Wind-Up Records. Esta canción es el soundtrack de la película "Daredevil", al igual que "My Immortal", la balada más reconocida de Evanescence.

Desde mayo de 2003, entabló una relación sentimental con Shaun Morgan del grupo Seether, colaborando con él en la canción Broken que es parte de la banda sonora de la película "The Punisher". Esta relación, sin embargo, terminó en septiembre de 2005, en muy malos términos.

En diciembre del 2005 Amy fue demandada por su representante Dennis Rider, quien la acusó de incumplimiento de contrato. Amy contrademandó acusando al representante de acoso sexual y negligencia profesional, asegurando, entre otras cosas, que Rider tuvo acercamiento sexuales indeseados e impropios hacia ella y que había utilizado recursos laborales en asuntos personales.

Su segundo disco a nivel internacional, llamado Anywhere but Home, creado en el año 2004 contiene temas como Thoughtless(un cover de Korn), Farther Away, Breathe No More y Missing.

The Open Door, es su ultima producción discográfica, fue lanzado el 3 de octubre de 2006. El primer single es Call Me When You're Sober, un éxito radial (dedicado a Shaun Morgan). El segundo single es Lithium y ya se puede ver y escuchar en los medio audiovisuales.